Основными задачами отделения являются:

- накопление, всесторонний анализ материалов об окружающей среде, неинфекционной заболеваемости, демографии;
- определение приоритетных мероприятий, направленных на предупреждение и устранение вредного воздействия факторов среды на здоровье людей;
- составление целевых программ (краткосрочных, среднесрочных, долгосрочных) совместно с подразделениями ЦГСЭН;
способствовать более эффективному использованию ресурсов здравоохранения посредством совершенствования системы надзора.
- разработка надежных информационных систем в области гигиены окружающей среды и охраны здоровья населения на основе данных мониторинга,
эпидемиологического надзора за неинфекционными заболеваниями совместно с соответствующими подразделениями ЦГСЭН.
- разработка международных мер по устранению вредных для здоровья трансграничных загрязнений окружающей среды.
- разработка региональных показателей благополучия окружающей среды и оценки здоровья населения, основанных первоначально на существующих данных
здравоохранения и связанных с признанными местными проблемами. - выработка единой методологии для определения причинно-следственных связей между факторами окружающей среды и здоровья населения.
- анализ данных о заболеваемости и демографии за ряд лет, проводя при этом тщательную выверку информации, оценка тенденций изменений показателей, определение факторов риска, выделение неблагополучных регионов, разработка мероприятий для целевых программ.
- информационное обеспечение, координация, преемственность в осуществлении мероприятий по созданию мониторинга загрязнения окружающей среды и по оценке риска для здоровья.
- подготовка проектов методических рекомендаций и указаний, служебных писем, других документов по вопросам организации работы отделений ИСЭ и ЗН.
- оказание практической и методической помощи центрам государственного санитарно-эпидемиологического надзора ниже по уровню по вопросам сбора, статистической обработки материалов, интерпретации данных о здоровье населения и факторах окружающей среды.
- проведение семинаров, совещаний для специалистов отделений ИСЭ и ЗН.
Изучение, обобщение, распространение передовых форм, методов работы по проблеме “Экология и здоровье”.
Подготовка справочных материалов о деятельности отделений по запросам ЦГСЭН выше по уровню.
- Отделение проводит работу в тесном контакте с другими подразделениями санитарно-гигиенического отдела центра государственного санитарно-эпидемиологического надзора службами комитета охраны природы, управления мониторинга загрязнения природной среды Главгидромета республики Узбекистан.

Работа в отделении осуществляется в соответствии с Законом Республики Узбекистан « О государственном санитарном надзоре» № 657-XII от 03. 07.1992 г., Положения о центре государственного санитарно-эпидемиологического надзора, СанПиНами, ГОСТами, нормативными актами Республики Узбекистан.